RNA-Seqはトランスクリプトームの網羅的な観測技術であり、様々な生命現象の理解に貢献してきました。一方で、労力や金銭面でのコストが、大規模なスケールでの実験遂行の妨げとなっています。そこで、高度な実験技術を必要とするRNA-Seqのライブラリ調整をより簡易に、低価格で行えるようなRNA-Seqライブラリ作製手法の開発を行っています。
(例) Lasy-Seq DeLTa-Seq
2．RNA-Seqを用いた、自然環境下における植物ーウイルス間相互作用の解析
RNA-Seqを用いて、自然環境下における植物ウイルスの多様性や相互作用を研究しています。植物ウイルスは、宿主の生理変化や枯死をもたらすため、これまでの研究の多くが農作物の病害について進められており、野生植物における知見はごく限られています。
一方で野生植物（のウイルス）は農作物の病害の供給源となるほか、野生植物では病徴を出さない感染が多くみられるなど、農作物とは異なる植物―ウイルス間相互作用が期待されます。野生植物においてターゲットを絞れないウイルスを網羅的に検出する方法はこれまであまり確立されていませんでしたが、私たちはRNA-Seqという手法により、感染している既知・未知のウイルスを正確に網羅的に検出できることを示しました。
RNA-Seqでは宿主の遺伝子発現応答も同時に解析可能なため、宿主内における植物とウイルスの攻防を解析することができます。現在はこれらの手法を用いて、野生アブラナ科集団におけるウイルス感染の調査や、植物との相互作用の解析を行っています。
***
2025.03
2．RNA-Seqを用いた、自然環境下における植物ーウイルス間相互作用の解析
RNA-Seqを用いて、自然環境下における植物ウイルスの多様性や相互作用を研究しています。植物ウイルスは、宿主の生理変化や枯死をもたらすため、これまでの研究の多くが農作物の病害について進められており、野生植物における知見はごく限られています。
一方で野生植物（のウイルス）は農作物の病害の供給源となるほか、野生植物では病徴を出さない感染が多くみられるなど、農作物とは異なる植物―ウイルス間相互作用が期待されます。野生植物においてターゲットを絞れないウイルスを網羅的に検出する方法はこれまであまり確立されていませんでしたが、私たちはRNA-Seqという手法により、感染している既知・未知のウイルスを正確に網羅的に検出できることを示しました。
RNA-Seqでは宿主の遺伝子発現応答も同時に解析可能なため、宿主内における植物とウイルスの攻防を解析することができます。現在はこれらの手法を用いて、野生アブラナ科集団におけるウイルス感染の調査や、植物との相互作用の解析を行っています。
***
2025.03
日本再生医療学会に参加予定です。
2023.03
日本再生医療学会に参加しています。
2021.3.14
植物生理学会大会シンポジウム「植物ホロビオントの創発基盤の解明に向けて」
にて講演させて頂きました。
植物生理学会大会シンポジウム「植物ホロビオントの創発基盤の解明に向けて」
にて講演させて頂きました。
2020.12.3-4
2020.9.4
「第１回ウイルス生態学セミナー＠筑波 〜内なるRNAウイルスの生き様を見よ〜」にお招きいただきました。
神谷 麻梨 "RNAから紐解くウイルスの生態"
神谷 麻梨 "RNAから紐解くウイルスの生態"
微生物生態学会 環境ウイルス部会にお招きいただきました。
神谷 麻梨 "RNA-Seqで観る野生植物とウイルスの相互作用"
神谷 麻梨 "RNA-Seqで観る野生植物とウイルスの相互作用"
2020.8.6
京都大学生態学研究センターの植物生態セミナーでお話させて頂きました。
京都大学生態学研究センターの植物生態セミナーでお話させて頂きました。
2019.9.19
第40回 ⽇本植物病理学会関⻄部会若⼿の会にお招きいただきました。
神谷 麻梨 "野生植物におけるウイルス感染 ― RNA-Seqによる網羅的探索"
第40回 ⽇本植物病理学会関⻄部会若⼿の会にお招きいただきました。
神谷 麻梨 "野生植物におけるウイルス感染 ― RNA-Seqによる網羅的探索"
2019.8.14
データ駆動数理医科学ワークショップにお招きいただきました。
データ駆動数理医科学ワークショップにお招きいただきました。
神谷 麻梨 "RNA-Seqを⽤いた、野⽣植物におけるウイルス感染の網羅的探索"
当日の様子
2019.8.9
北海道大学 農学部でセミナーをさせていただきました。
2019.8.9
2019.3.18
第66回 日本生態学会大会 ポートアイランド 神戸国際会議場
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
"RNA-Seq を用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索"
2019.3.14
第60回日本植物生理学会 名古屋大学
Mari Kamitani, Makoto Kashima, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano
"Development of high-throughput RNA-Seq library preparation method and its application to analysis on temperature-response of Arabidopsis thaliana″
初めて座長もさせていただき、とても勉強になりました。
2019.1.26
2018年 滋賀植物病理懇話会にお招き頂きました。
神谷麻梨 "RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルス感染の網羅的探索"
2019.1.10-11
博多で行われたCRESTの領域会議に参加、発表させていただきました。
2018.12.30
第41回日本分子生物学会にて、開発中のRNA-Seq手法について発表させていただきました。
神谷 麻梨、鹿島 誠、手塚 あゆみ、永野 惇
″多検体 RNA-Seqライブラリ作製手法の改良とシロイヌナズナにおける温度応答の解析"
2018.10.18-19
CRESTさきがけ合同若手研究会にて発表させていただきました。
2018.10.12
京都大学大学院 農学研究科の森林生物学研究室（井鷺先生研）のセミナーにお招きいただきました。ありがとうございました。
2018.03.15
第65回日本生態学会大会 企画集会 「生態学者による感染症へのアプローチ」へお招き頂きました。
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
T07-3 "植物ウイルスの生態学：RNA-Seqを用いた検出と宿主-ウイルス相互作用解析"
2017.12.08
2017年度生命科学系学会合同年次大会にて発表させていただきました。
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
"RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルスの網羅的探索と宿主応答の解析" 3P-1263
2017.11.12
ワークショップ「NGSデータの多彩な活用」を研究室主催で開催し、発表しました。
2017.11.08
龍谷大学理工学部のセミナーへお招きいただきました。
2017.11.04
Taiwan-Japan Plant Biology 2017にてポスター発表をしました。
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
"Interactions between wild plants and viruses revealed by RNA-seq"
2017.10.17
新学術領域「環境記憶統合」第三回若手の会にてポスター発表をしました。
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
“Improvement of library preparation for high-throughput RNA-Seq”
2017.09.14
進化群集生態シンポジウム2017へお招きいただきました。
どうもありがとうございました。
2017.03.17
鹿児島で開催中の日本植物生理学会で、口頭発表させていただきました。
2016.09.17
沖縄で開催された日本植物学会で、「野生植物内のウイルス・宿主間、 ウイルス種間相互作用を RNA-Seq で観る」というタイトルでシンポジウム発表させていただきました。
ありがとうございました。
2016.03.24
東北大学で開催中の日本生態学会でポスター発表させていただきました。
2016.3.19
岩手大学で開催された植物生理学会で口頭発表させていただきました。
2016.03.10
京都大学理学部で開催される動物生態セミナーで講演をさせていただきました。
2016.03.02
京都大学セミナーハウスで開催された、Bristol大学・Heidelberg大学との共同ワークショップ "New frontiers in Botany"にて発表させていただきました。
2015.11.06
イギリス ブリストル大学で開催されたBristol-Heidelberg-Kyoto Symposiumにて発表させていただきました。
2015.09.25
植物電顕若手ワークショップにてポスター発表させていただきました。
2015.07.01
NGS現場の会にてポスター発表させていただきました。
2019.8.9
北海道大学 農学部でセミナーをさせていただきました。
2019.8.9
日本進化学会 第21回大会 北海道大学 シンポジウムS13
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
"Unravelling the virus diversity and host-virus interaction in wild plants using
RNA-Seq"
RNA-Seq"
第66回 日本生態学会大会 ポートアイランド 神戸国際会議場
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
"RNA-Seq を用いたアブラナ科植物群集におけるウイルス感染の探索"
2019.3.14
第60回日本植物生理学会 名古屋大学
Mari Kamitani, Makoto Kashima, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano
"Development of high-throughput RNA-Seq library preparation method and its application to analysis on temperature-response of Arabidopsis thaliana″
初めて座長もさせていただき、とても勉強になりました。
2019.1.26
2018年 滋賀植物病理懇話会にお招き頂きました。
神谷麻梨 "RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルス感染の網羅的探索"
博多で行われたCRESTの領域会議に参加、発表させていただきました。
2018.12.30
第41回日本分子生物学会にて、開発中のRNA-Seq手法について発表させていただきました。
神谷 麻梨、鹿島 誠、手塚 あゆみ、永野 惇
″多検体 RNA-Seqライブラリ作製手法の改良とシロイヌナズナにおける温度応答の解析"
2018.10.18-19
CRESTさきがけ合同若手研究会にて発表させていただきました。
2018.10.12
京都大学大学院 農学研究科の森林生物学研究室（井鷺先生研）のセミナーにお招きいただきました。ありがとうございました。
2018.03.15
第65回日本生態学会大会 企画集会 「生態学者による感染症へのアプローチ」へお招き頂きました。
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
T07-3 "植物ウイルスの生態学：RNA-Seqを用いた検出と宿主-ウイルス相互作用解析"
2017.12.08
2017年度生命科学系学会合同年次大会にて発表させていただきました。
神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵, 工藤 洋
"RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルスの網羅的探索と宿主応答の解析" 3P-1263
2017.11.12
ワークショップ「NGSデータの多彩な活用」を研究室主催で開催し、発表しました。
2017.11.08
龍谷大学理工学部のセミナーへお招きいただきました。
2017.11.04
Taiwan-Japan Plant Biology 2017にてポスター発表をしました。
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
"Interactions between wild plants and viruses revealed by RNA-seq"
2017.10.17
新学術領域「環境記憶統合」第三回若手の会にてポスター発表をしました。
Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh
“Improvement of library preparation for high-throughput RNA-Seq”
2017.09.14
進化群集生態シンポジウム2017へお招きいただきました。
どうもありがとうございました。
2017.03.17
鹿児島で開催中の日本植物生理学会で、口頭発表させていただきました。
2016.09.17
沖縄で開催された日本植物学会で、「野生植物内のウイルス・宿主間、 ウイルス種間相互作用を RNA-Seq で観る」というタイトルでシンポジウム発表させていただきました。
ありがとうございました。
2016.03.24
東北大学で開催中の日本生態学会でポスター発表させていただきました。
2016.3.19
岩手大学で開催された植物生理学会で口頭発表させていただきました。
2016.03.10
京都大学理学部で開催される動物生態セミナーで講演をさせていただきました。
2016.03.02
京都大学セミナーハウスで開催された、Bristol大学・Heidelberg大学との共同ワークショップ "New frontiers in Botany"にて発表させていただきました。
2015.11.06
イギリス ブリストル大学で開催されたBristol-Heidelberg-Kyoto Symposiumにて発表させていただきました。
2015.09.25
植物電顕若手ワークショップにてポスター発表させていただきました。
2015.07.01
NGS現場の会にてポスター発表させていただきました。
2015.03.23
岡山の倉敷資源植物研究所でセミナーをさせていただきました。
2015.03.19
日本生態学会でポスター発表をさせていただきました。多様性部門の最優秀賞をいただきました。ありがとうございます。
2015.01.20
第4回 植物RNA研究者ネットワークシンポジウムで口頭発表をさせていただきました。
2014.11.04
京大植物縦横無尽の会でポスター発表させていただきました。
2014.10.11
遺伝研で行われた第7回Evo-Devo青年の会でポスター発表させていただきました。
2014.09.24
阿蘇で行われた新学術領域 若手ワークショップ、第8回細胞壁ネットワーク研究会合でポスター発表させていただきました。最優秀賞をいただきました。ありがとうございます。
2014.09.24
阿蘇で行われた新学術領域 若手ワークショップ、第8回細胞壁ネットワーク研究会合でポスター発表させていただきました。最優秀賞をいただきました。ありがとうございます。
