Fillable and unfillable gaps in plant transcriptome under field and controlled environments
Plant, cell & environment 45 (8), 2410-2427（PDF）
14. Kashima, M., Kamitani, M., Nomura, Y., Hirata, H., Nagano,A.J. (2022)
"DeLTa-Seq: direct-lysate targeted RNA-Seq from crude tissue lysate",
Plant methods 18 (1), 1-18 3 (PDF)
13. Kamitani, M., Nagano, A.J., Okuno T.＊ (2021) “Characterization of Citrus leaf
blotch virus from Nandina domestica ‘Otafukunanten’” Journal of General Plant Pathology,
DOI 10.1007/s10327-021-00980-4 （PDF）
12. Yamaguchi, N., Matsubara, S., Yoshimizu, K. Seki, M. Hamada, K. Kamitani, M.
Kurita, Y. Nomura, Y. Nagashima, K. Inagaki, S. Suzuki, T. Gan, E-S. To, T. Kakutani, T.
Nagano, AJ. Satake, A Ito T. (2021) "H3K27me3 demethylases alter HSP22 and HSP17.6C
expression in response to recurring heat in Arabidopsis", Nat Commun 12, 3480 (PDF)
11. Koeda, S., Homma, K., Kamitani, M., Nagano, A.J., Taniguchi, M., Pohan, N., Kesumawati, E.
(2020) “Pepper vein yellows virus 9: a novel Polerovirus species isolated from chili pepper
in Indonesia” Archives of Virology 1-5 (PDF)
10. Kamitani, M., Okuno, T., Kudoh, H. (2020) "Complete genome sequence of a novel
partitivirus from a wild brassicaceous plant, Arabidopsis halleri" Archives of Virology 165,
2091-2094 DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-020-04670-y (PDF)
9. Honjo, M.N. Emura, N. Kawagoe, T. Sugisaka, J. Kamitani, M. Nagano, A.J. Kudoh, H.
(2020) "Seasonality of interactions between a plant virus and its host during persistent
infection in a natural environment" The ISME Journal 14, 506–518 オープンアクセス (PDF)
8. Yamaguchi, N.＊, Matsubara, S. Yoshimizu, K. Seki, M. Hamada, K. Kamitani, M. Kurita,
2091-2094 DOI: https://doi.org/10.1007/s00705-020-04670-y (PDF)
9. Honjo, M.N. Emura, N. Kawagoe, T. Sugisaka, J. Kamitani, M. Nagano, A.J. Kudoh, H.
(2020) "Seasonality of interactions between a plant virus and its host during persistent
infection in a natural environment" The ISME Journal 14, 506–518 オープンアクセス (PDF)
8. Yamaguchi, N.＊, Matsubara, S. Yoshimizu, K. Seki, M. Hamada, K. Kamitani, M. Kurita,
Y. Inagaki, S. Suzuki, T. Gan, E. To T., Kakutani, T. Nagano, A.J. Satake, A. Ito, T. ＊ (2020)
“Removal of repressive histone marks creates epigenetic memory of recurring heat in Arabidopsis”
BioRxiv
7. Tanigaki, Y. Higashi, T. Takayama, K. Nagano, A.J. Honjo, M.N. Tezuka, A. Kamitani, M,
Fukuda, H. (2019) "Simplification of circadian rhythm measurement using species-
independent time-indicated genes" Current Plant Biology, 100118 オープンアクセス (PDF)
7. Tanigaki, Y. Higashi, T. Takayama, K. Nagano, A.J. Honjo, M.N. Tezuka, A. Kamitani, M,
Fukuda, H. (2019) "Simplification of circadian rhythm measurement using species-
independent time-indicated genes" Current Plant Biology, 100118 オープンアクセス (PDF)
6. Kamitani, M., Kashima, M., Tezuka, A., Nagano,A.J. (2019)
"Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNA-Seq and its application
in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures",
Scientific Reports, volume 9, Article number: 7091 オープンアクセス （PDF)
"Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNA-Seq and its application
in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures",
Scientific Reports, volume 9, Article number: 7091 オープンアクセス （PDF)
5. Kamitani, M., Nagano,A.J., Honjo,N.M., Kudoh,H. (2018)
“A Survey on Plant Viruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq”,
Microbial Ecology 78, 113–121 doi: https://doi.org/10.1007/s00248-018-1271-4 (PDF)
4. Awazu.A, Tanabe, T., Kamitani, M., Tezuka, A., Nagano, A.J. (2018)
“Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic
variations in RNA-seq data“
Scientific Reports, volume 8, Article number: 8339 オープンアクセス PDF)
3．Kamitani, M., Nagano, A. J., Honjo, N. M., Kudoh, H. (2017)
“First report of Pelargonium zonate spot virus from wild Brassicaceae plants in Japan.“
Journal of General Plant Pathology, Volume 83, Issue 5, pp 329-332
DOI: 10.1007/s10327-017-0727-6 （PDF)
2．Kamitani, M., Nagano, A. J., Honjo, N. M., Kudoh, H. (2016)
“RNA-Seq reveals virus-virus and virus-plant interactions in nature“.,
FEMS Microbiology Ecology, Volume 92, Issue 11,
fiw176, DOI: 10.1093/femsec/fiw176 オープンアクセス (PDF)
F1000Primeの推薦論文に選出して頂きました。
1．水町 衣里, 磯部 洋明, 神谷 麻梨, 黒川 紘美, 堂野 能伸, 森 奈保子, 塩瀬 隆之,
“教材としての宇宙:答えのない課題を扱う教育プログラム『宇宙箱舟ワークショップ』“
宇宙航空研究開発機構研究開発報告 12 19-45 2013年3月 (PDF)
【総説】
1. 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る
神谷麻梨・永野惇・本庄三恵・工藤洋 BSJ-Review8A:12-21 (PDF)
【招待講演】
“A Survey on Plant Viruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq”,
Microbial Ecology 78, 113–121 doi: https://doi.org/10.1007/s00248-018-1271-4 (PDF)
4. Awazu.A, Tanabe, T., Kamitani, M., Tezuka, A., Nagano, A.J. (2018)
“Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic
variations in RNA-seq data“
Scientific Reports, volume 8, Article number: 8339 オープンアクセス PDF)
3．Kamitani, M., Nagano, A. J., Honjo, N. M., Kudoh, H. (2017)
“First report of Pelargonium zonate spot virus from wild Brassicaceae plants in Japan.“
Journal of General Plant Pathology, Volume 83, Issue 5, pp 329-332
DOI: 10.1007/s10327-017-0727-6 （PDF)
2．Kamitani, M., Nagano, A. J., Honjo, N. M., Kudoh, H. (2016)
“RNA-Seq reveals virus-virus and virus-plant interactions in nature“.,
FEMS Microbiology Ecology, Volume 92, Issue 11,
fiw176, DOI: 10.1093/femsec/fiw176 オープンアクセス (PDF)
F1000Primeの推薦論文に選出して頂きました。
1．水町 衣里, 磯部 洋明, 神谷 麻梨, 黒川 紘美, 堂野 能伸, 森 奈保子, 塩瀬 隆之,
“教材としての宇宙:答えのない課題を扱う教育プログラム『宇宙箱舟ワークショップ』“
宇宙航空研究開発機構研究開発報告 12 19-45 2013年3月 (PDF)
【総説】
1. 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る
神谷麻梨・永野惇・本庄三恵・工藤洋 BSJ-Review8A:12-21 (PDF)
【招待講演】
11. 神谷麻梨「野外の植物におけるウイルス叢探索と宿主－ウイルス相互作用解析」
植物生理学会シンポジウム「植物ホロビオントの創発基盤の解明に向けて」、オンライン、
2021.3.14
10. 神谷麻梨「RNA-Seqで観る野生植物とウイルスの相互作用」微生物生態学会
環境ウイルス部会、オンライン（筑波大学） 2020.9.4
9. 神谷麻梨「野生植物における― RNA-Seqによる網羅的探索 」
2019年度 植物病理学会関西支部会、兵庫県立大学、2019.9.18
8. 神谷麻梨「RNA-Seqを用いた野生植物におけるウイルス感染の網羅的探索」
データ駆動数理医科学ワークショップ、北海道大学、2019.8.14
7. Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh.
"Unravelling the virus diversity and host-virus interaction in wild plants using
RNA-Seq" 日本進化学会 第21回大会 北海道大学 シンポジウムS13(英語) , 2019.8.9
6. 神谷麻梨「RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルス感染の網羅的探索」滋賀植物病理懇話会、
立命館大学びわこ・くさつキャンパス、2019.1.26
5. 神谷麻梨、永野惇、本庄三恵、工藤洋「植物ウイルスの生態学：RNA-Seqを用いた検出と宿主
－ウイルス相互作用解析」第65回日本生態学会大会、札幌コンベンションセンター、2018.03
4. 神谷麻梨「野生植物におけるウイルス感染 －"ウイルス生態学"の視点から」
進化群集生態学シンポジウム2017、京都大学理学部セミナーハウス、2017.09
3. 神谷麻梨、永野惇、本庄三恵、工藤洋「野生植物内のウイルス・宿主間、 ウイルス種間
相互作用を RNA-Seq で観る」第80回日本植物学会年会、シンポジウム2aSA02、
沖縄コンベンションセンター、2016.09
2. Kamitani, M., Nagano A. J., Honjo, M., Kudoh H. “RNA-Seq reveals plant-
virus interactions in the natural habitat”, Kyoto-Bristol-Heidelberg workshop:
Novel frontiers in botany, Kyoto university, Kyoto, Japan, Mar. 2016
1. Kamitani, M., Nagano A. J., Honjo, M., Kudoh H. “Revealing virus diversity
and host-virus interaction in wild plants using RNA-Seq”, Bristol-Heidelberg-
Kyoto Symposium, Bristol university, Bristol, UK, Nov. 2015
【受賞等】
2015年 3月 日本生態学会 最優秀ポスター発表賞（多様性部門）
2014年10月 新学術領域若手ワークショップ・第8回細胞壁ネットワーク研究会 ポスター最優秀賞
2014年 3月 日本学生支援機構 第一種奨学金 特に優れた業績による返還免除 全額免除
2011年 1月 第12回キャンパスベンチャーグランプリ (CVG) 大阪 テクノロジー部門 優秀賞
2007年11月 朝日新聞社 第9回朝日のびのび教育賞
（ノートルダム女学院高等学校科学クラブ 受賞記念講演：神谷）
2007年 6月 第一回私学振興賞 （ノートルダム女学院科学クラブ）
2006年 3月 第3回全国プレゼンテーションコンテスト全国大会 最優秀グランプリ賞
（ノートルダム女学院高等学校科学クラブ プレゼン：神谷）
2005年 8月 日本生物教育会（JABE）第60回大会 大阪大会 優秀賞 他
【制作物】
5. 東ティモールの「失われた世界」～少年とワニの時間旅行～（日本語版訳本）
日本語訳：神谷麻梨 (2020), 原著：José Ramos-Horta & Patricia Vickers-Rich,
“O Mundo Perdido Timor-Leste; A Boy and Crocodile Travel Through Time”
出版：PrimeSCI! スウィンバーン工科大学 （地球の成り立ちや古生物について学ぶ中高生向け教材）
4. 京都大学生態学研究センター 工藤研究室ホームページ 神崎さん、佐藤さんと。
3. 対話型パブリックコメントの足跡をたどる Vol. 1 発行編集：神谷麻梨, 多々良直治,
ディレクション：多々良直治, デザイン：宮本賢司, イラスト：サタケシュンスケ,
印刷：国際印刷出版研究所, 発行：PESTI, 2014年
2. 宇宙箱舟ワークショップブック 宇宙箱舟製作委員会, 2011年
1. 暗闇の恐竜 （日本語版訳本） 翻訳： 神谷麻梨, 宮崎有美子, 2007年
原著：Thomas H. Rich, Patricia Vickers-Rich, 2000年 "Dinosaurs of Darkness"
【共同研究者による発表】 （近年のものを抜粋）
6. 2018年12月7～9日 第50回種生物学シンポジウム（東京）
「季節環境がもたらすウイルス―宿主の長期共存機構」
本庄三恵1, 永野惇1,2, 川越哲博1, 杉阪次郎1, 榮村奈緒子1, 神谷麻梨1,2,工藤洋*1
（1京大・生態研、2龍谷大・農学部)
5. 2018年9月9日 日本物理学会 秋季大会（京都）
「遺伝子の発現揺らぎ・発現制御・機能間関係：RNA-seqと数理モデル」
粟津暁紀*1, 田邊章洋2, 神谷麻梨3, 手塚あゆみ3, 永野惇3
（1広大理, 2明大現象, 3龍谷大農)
4. 2018年8月22～25日 日本進化学会第20回大会（東京）
「季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構」
本庄三恵1, 永野惇1,2, 川越哲博1, 杉阪次郎1, 榮村奈緒子1, 神谷麻梨1,2,工藤洋1
（1京大・生態研、2龍谷大・農学部)
3. 2018年9月 日本作物学会第246回講演会（札幌）
「野外とグロースチャンバーで栽培したイネのトランスクリプトームの比較解析」
橋田庸一* 1,手塚あゆみ 1,神谷麻梨 1,・鹿島誠 1,栗田悠子 1,永野惇 2
（1龍谷大学食と農の総合研究所, 2龍谷大学農学部)
2. 2018年3月28〜30日 第59回日本植物生理学会年会（札幌）
「自作小型培養庫を用いた植物季節応答の再現」
栗田悠子*1，滝本裕則2，神谷麻梨1，橋田庸一1，鹿島誠1，手塚あゆみ1，七夕高也3，永野惇1
（1龍谷大・農，2岡山県立大・情報工学，3かずさDNA研究所)
1. 2018年3月29～30日 日本作物学会第245回講演会（宇都宮大学峰キャンパス）
「野外環境を再現するSmartGCの開発と評価」: P21
橋田庸一*1,手塚あゆみ 1,神谷麻梨 1,・鹿島誠 1,栗田悠子 1,永野惇 2
（1龍谷大学食と農の総合研究所, 2龍谷大学農学部）
8. 神谷麻梨「RNA-Seqを用いた野生植物におけるウイルス感染の網羅的探索」
データ駆動数理医科学ワークショップ、北海道大学、2019.8.14
7. Mari Kamitani, Atsushi J. Nagano, Mie N. Honjo, Hiroshi Kudoh.
"Unravelling the virus diversity and host-virus interaction in wild plants using
RNA-Seq" 日本進化学会 第21回大会 北海道大学 シンポジウムS13(英語) , 2019.8.9
6. 神谷麻梨「RNA-Seqを用いた野生植物内ウイルス感染の網羅的探索」滋賀植物病理懇話会、
立命館大学びわこ・くさつキャンパス、2019.1.26
5. 神谷麻梨、永野惇、本庄三恵、工藤洋「植物ウイルスの生態学：RNA-Seqを用いた検出と宿主
－ウイルス相互作用解析」第65回日本生態学会大会、札幌コンベンションセンター、2018.03
4. 神谷麻梨「野生植物におけるウイルス感染 －"ウイルス生態学"の視点から」
進化群集生態学シンポジウム2017、京都大学理学部セミナーハウス、2017.09
3. 神谷麻梨、永野惇、本庄三恵、工藤洋「野生植物内のウイルス・宿主間、 ウイルス種間
相互作用を RNA-Seq で観る」第80回日本植物学会年会、シンポジウム2aSA02、
沖縄コンベンションセンター、2016.09
2. Kamitani, M., Nagano A. J., Honjo, M., Kudoh H. “RNA-Seq reveals plant-
virus interactions in the natural habitat”, Kyoto-Bristol-Heidelberg workshop:
Novel frontiers in botany, Kyoto university, Kyoto, Japan, Mar. 2016
1. Kamitani, M., Nagano A. J., Honjo, M., Kudoh H. “Revealing virus diversity
and host-virus interaction in wild plants using RNA-Seq”, Bristol-Heidelberg-
Kyoto Symposium, Bristol university, Bristol, UK, Nov. 2015
【受賞等】
2015年 3月 日本生態学会 最優秀ポスター発表賞（多様性部門）
2014年10月 新学術領域若手ワークショップ・第8回細胞壁ネットワーク研究会 ポスター最優秀賞
2014年 3月 日本学生支援機構 第一種奨学金 特に優れた業績による返還免除 全額免除
2011年 1月 第12回キャンパスベンチャーグランプリ (CVG) 大阪 テクノロジー部門 優秀賞
2007年11月 朝日新聞社 第9回朝日のびのび教育賞
（ノートルダム女学院高等学校科学クラブ 受賞記念講演：神谷）
2007年 6月 第一回私学振興賞 （ノートルダム女学院科学クラブ）
2006年 3月 第3回全国プレゼンテーションコンテスト全国大会 最優秀グランプリ賞
（ノートルダム女学院高等学校科学クラブ プレゼン：神谷）
2005年 8月 日本生物教育会（JABE）第60回大会 大阪大会 優秀賞 他
【制作物】
5. 東ティモールの「失われた世界」～少年とワニの時間旅行～（日本語版訳本）
日本語訳：神谷麻梨 (2020), 原著：José Ramos-Horta & Patricia Vickers-Rich,
“O Mundo Perdido Timor-Leste; A Boy and Crocodile Travel Through Time”
出版：PrimeSCI! スウィンバーン工科大学 （地球の成り立ちや古生物について学ぶ中高生向け教材）
4. 京都大学生態学研究センター 工藤研究室ホームページ 神崎さん、佐藤さんと。
3. 対話型パブリックコメントの足跡をたどる Vol. 1 発行編集：神谷麻梨, 多々良直治,
ディレクション：多々良直治, デザイン：宮本賢司, イラスト：サタケシュンスケ,
印刷：国際印刷出版研究所, 発行：PESTI, 2014年
2. 宇宙箱舟ワークショップブック 宇宙箱舟製作委員会, 2011年
1. 暗闇の恐竜 （日本語版訳本） 翻訳： 神谷麻梨, 宮崎有美子, 2007年
原著：Thomas H. Rich, Patricia Vickers-Rich, 2000年 "Dinosaurs of Darkness"
【共同研究者による発表】 （近年のものを抜粋）
6. 2018年12月7～9日 第50回種生物学シンポジウム（東京）
「季節環境がもたらすウイルス―宿主の長期共存機構」
本庄三恵1, 永野惇1,2, 川越哲博1, 杉阪次郎1, 榮村奈緒子1, 神谷麻梨1,2,工藤洋*1
（1京大・生態研、2龍谷大・農学部)
5. 2018年9月9日 日本物理学会 秋季大会（京都）
「遺伝子の発現揺らぎ・発現制御・機能間関係：RNA-seqと数理モデル」
粟津暁紀*1, 田邊章洋2, 神谷麻梨3, 手塚あゆみ3, 永野惇3
（1広大理, 2明大現象, 3龍谷大農)
4. 2018年8月22～25日 日本進化学会第20回大会（東京）
「季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構」
本庄三恵1, 永野惇1,2, 川越哲博1, 杉阪次郎1, 榮村奈緒子1, 神谷麻梨1,2,工藤洋1
（1京大・生態研、2龍谷大・農学部)
3. 2018年9月 日本作物学会第246回講演会（札幌）
「野外とグロースチャンバーで栽培したイネのトランスクリプトームの比較解析」
橋田庸一* 1,手塚あゆみ 1,神谷麻梨 1,・鹿島誠 1,栗田悠子 1,永野惇 2
（1龍谷大学食と農の総合研究所, 2龍谷大学農学部)
2. 2018年3月28〜30日 第59回日本植物生理学会年会（札幌）
「自作小型培養庫を用いた植物季節応答の再現」
栗田悠子*1，滝本裕則2，神谷麻梨1，橋田庸一1，鹿島誠1，手塚あゆみ1，七夕高也3，永野惇1
（1龍谷大・農，2岡山県立大・情報工学，3かずさDNA研究所)
1. 2018年3月29～30日 日本作物学会第245回講演会（宇都宮大学峰キャンパス）
「野外環境を再現するSmartGCの開発と評価」: P21
橋田庸一*1,手塚あゆみ 1,神谷麻梨 1,・鹿島誠 1,栗田悠子 1,永野惇 2
（1龍谷大学食と農の総合研究所, 2龍谷大学農学部）
