RNA-Seqライブラリ調整を簡単に低コストにし、多検体に対応できるようにした手法「Lasy-Seq(Low-cost and easy RNA-Seq)」の論文をbioRxivに公開しました
Kamitani, M., Makoto K., Ayumi T., Nagano,A.J. (2018)
"Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNA-Seq and its application in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures",
bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/463596, (PDF)
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2018年12月18日火曜日
2018年12月9日日曜日
京大博物館の福井謙一博士生誕百年記念展示、「ノーベル賞化学者を育んだ教室 -応用をやるには、基礎をやれ-」に行ってきました。
以前にお世話になった塩瀬先生のご企画の展示で、面白いに違いない!行きたい!と思いながら出張などで行けず、ようやく先週末に行くことができました。
会場には福井先生に関連する貴重な展示がいっぱい...
チラシの裏や新聞に手書きされた数式や化学物質構造のメモがたくさん吊られていたり、
いまと昔の研究室がマンガで再現されていたり、
『先生の授業は写経でした』という御弟子さん方のお話を追体験する数式写経体験コーナーがあったり、
他にも書ききれないくらい、先生のお人柄や当時の雰囲気を感じられるような仕掛けがたくさんで、とても楽しかったです。
ノーベル賞受賞通知(写真)の電報も展示されていて、 短い文章の中のインパクトがすごかったです。
以前にお世話になった塩瀬先生のご企画の展示で、面白いに違いない!行きたい!と思いながら出張などで行けず、ようやく先週末に行くことができました。
会場には福井先生に関連する貴重な展示がいっぱい...
チラシの裏や新聞に手書きされた数式や化学物質構造のメモがたくさん吊られていたり、
いまと昔の研究室がマンガで再現されていたり、
『先生の授業は写経でした』という御弟子さん方のお話を追体験する数式写経体験コーナーがあったり、
他にも書ききれないくらい、先生のお人柄や当時の雰囲気を感じられるような仕掛けがたくさんで、とても楽しかったです。
ノーベル賞受賞通知(写真)の電報も展示されていて、 短い文章の中のインパクトがすごかったです。
2018年10月9日火曜日
2018年10月5日金曜日
2018年10月1日月曜日
2018年9月25日火曜日
2018年8月28日火曜日
2018年7月31日火曜日
2018年7月17日火曜日
2018年7月13日金曜日
2018年7月2日月曜日
博士論文の研究を書籍に引用していただきました。
論文や本でお名前を存じていた先生方に引用して頂いて、恐縮ですがとても嬉しいです。
この本は植物だけでなく人なども含めたウイルス全般の本で、私の論文は植物病理に関連するチャプターに引用していただいています。
生態学的視点からのウイルス研究と、病理学的視点からのウイルス研究が知見を積み重ねあえれば良いと感じることは多いので、これを励みに、また研究に精進しようと思いました。
"Viruses as Pathogens: Plant Viruses"
R Hull - Viruses: Molecular Biology, Host Interactions, and Applications to Biotechnology
Edited by: Paula Tennant, Gustavo Fermin and Jerome Foster
書誌情報はこちら
論文や本でお名前を存じていた先生方に引用して頂いて、恐縮ですがとても嬉しいです。
この本は植物だけでなく人なども含めたウイルス全般の本で、私の論文は植物病理に関連するチャプターに引用していただいています。
生態学的視点からのウイルス研究と、病理学的視点からのウイルス研究が知見を積み重ねあえれば良いと感じることは多いので、これを励みに、また研究に精進しようと思いました。
"Viruses as Pathogens: Plant Viruses"
R Hull - Viruses: Molecular Biology, Host Interactions, and Applications to Biotechnology
Edited by: Paula Tennant, Gustavo Fermin and Jerome Foster
書誌情報はこちら
2018年6月30日土曜日
2018年6月26日火曜日
2018年6月5日火曜日
広島大学の粟津さん達との共同研究が出版されました。
Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data
粟津さんは物理系の研究者の方で、私はサンプリング等を担当させて頂いたのですが、分野を超えた共同研究は初めてだったので、自分では絶対にできないような素晴らしい研究のお手伝いができて、とても勉強になりました。
Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data
実験室の均一な環境下で、同時に生育させた生物(酵母やシロイヌナズナ等)の間でも、個体間で遺伝子発現のばらつき(=ゆらぎ)が見られることが知られています。
通常の発現解析ではこれらはむしろノイズとして均されがちですが、粟津さんの研究ではこのゆらぎが、それぞれの遺伝子の種類・機能と関連しうることを明らかにされました。粟津さんは物理系の研究者の方で、私はサンプリング等を担当させて頂いたのですが、分野を超えた共同研究は初めてだったので、自分では絶対にできないような素晴らしい研究のお手伝いができて、とても勉強になりました。
2018年5月27日日曜日
先日、和光 理研の二階堂愛先生の研究室へ寄せていただきました。
二階堂研ではSingle cell RNA-Seqなどの微量inputのRNA-Seq系を多く開発なさっています。
自分の研究でもRNA-Seq系の改良を行っているので、実験手法の詳細なお話を伺ったり、ラボを見学させて頂けてとても勉強になりました。
(二階堂研で開発されている代表的な微量RNA-Seq手法はこちら )
多検体1細胞RNAシーケンス法 Quartz-Seq2 (Sasagawa et al. 2018 Genome Biol.)
1細胞完全長トータルRNAシーケンス法 RamDA-Seq (Hayashi et al. 2018 nat. commun.)
二階堂研ではSingle cell RNA-Seqなどの微量inputのRNA-Seq系を多く開発なさっています。
自分の研究でもRNA-Seq系の改良を行っているので、実験手法の詳細なお話を伺ったり、ラボを見学させて頂けてとても勉強になりました。
(二階堂研で開発されている代表的な微量RNA-Seq手法はこちら )
多検体1細胞RNAシーケンス法 Quartz-Seq2 (Sasagawa et al. 2018 Genome Biol.)
1細胞完全長トータルRNAシーケンス法 RamDA-Seq (Hayashi et al. 2018 nat. commun.)
2018年4月28日土曜日
2018年3月21日水曜日
2018年3月19日月曜日
3月14日~18日は、北海道の札幌コンベンションセンターで開催された第65回日本生態学会大会へ参加してきました。
博士課程でお世話になった工藤研究室のOBの方からお招きいただいて企画集会で発表させていただきました。
感染症の集会で、自分と手法や興味の関連する方々の研究について懇親会も含めじっくり伺えてとても勉強になりました。
北海道はまだ冬で吹雪の日もあり、さらさらの雪が溶けずにあっという間に積もっていくのは本州と違う迫力がありました。
(↓学会会場前の雪)
2018年2月26日月曜日
2018年2月21日水曜日
サンプリングに参加したお花見メタゲノムプロジェクトの論文が公開されました。
NGS現場の会第四回研究会のイベントとして企画され、日本中の研究者がソメイヨシノの花の表面を綿棒のようなものでなぞり、細菌叢の違いを調べるプロジェクトでした。
本文はこちら
NGS現場の会第四回研究会のイベントとして企画され、日本中の研究者がソメイヨシノの花の表面を綿棒のようなものでなぞり、細菌叢の違いを調べるプロジェクトでした。
本文はこちら
2018年2月3日土曜日
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