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2018年12月21日金曜日

RNA-Seqライブラリ調整を簡単に低コストにし、多検体に対応できるようにした手法「Lasy-Seq(Low-cost and easy RNA-Seq)」の論文をbioRxivに公開しました

Kamitani, M., Makoto K., Ayumi T., Nagano,A.J. (2018)
"Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNA-Seq and its application in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures",
bioRxiv   doi: https://doi.org/10.1101/463596,       (PDF)

2018年12月18日火曜日

京都大学のecologyのメールアドレスが使えなくなっているようです。
ご迷惑をおかけいたしますが、プロフィールページに記載のgoogleの方へご連絡いただければ幸いです。

2018年12月9日日曜日

京大博物館の福井謙一博士生誕百年記念展示、「ノーベル賞化学者を育んだ教室 -応用をやるには、基礎をやれ-」に行ってきました。
以前にお世話になった塩瀬先生のご企画の展示で、面白いに違いない!行きたい!と思いながら出張などで行けず、ようやく先週末に行くことができました。

会場には福井先生に関連する貴重な展示がいっぱい...
チラシの裏や新聞に手書きされた数式や化学物質構造のメモがたくさん吊られていたり、
いまと昔の研究室がマンガで再現されていたり、
『先生の授業は写経でした』という御弟子さん方のお話を追体験する数式写経体験コーナーがあったり、
他にも書ききれないくらい、先生のお人柄や当時の雰囲気を感じられるような仕掛けがたくさんで、とても楽しかったです。
ノーベル賞受賞通知(写真)の電報も展示されていて、 短い文章の中のインパクトがすごかったです。




2018年11月28日水曜日

分子生物学会で横浜に来ています。
新しい話が聴けるのが楽しみです。

2018年10月9日火曜日

Microbial Ecologyに掲載された論文原稿を公開しました。

Kamitani, M., Nagano,A.J., Honjo,N.M., Kudoh,H. (2018)
“A Survey on PlantViruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq”
Microbial Ecology

著者最終原稿のダウンロード(PDFファイル)はこちら

2018年10月5日金曜日

アブラナ科集団のウイルスの論文がMicrobial Ecology にアクセプトされました。
近畿の3つの自然植物集団内のアブラナ科植物種を網羅的に調査したもので、スズシロソウの未知候補ウイルスを除けば、調査した範囲ではイヌガラシとハクサンハタザオに感染が集中していました。
ハクサンハタザオは好きな植物なのですが、最初にこの植物を対象としてウイルス研究を始められたのはご縁だなぁと思いました。

これを励みに、次の研究も頑張ります。

2018年10月1日月曜日

バンドー神戸市青少年科学館で石の実験教室をさせて頂きました。
前回も講師をさせていただいたこの教室、中学生が対象で、実験教室のあとは生徒さんと若手研究者が話す時間が設けられています。
中学生向けの実験教室をされているところは少ないですが、より深いところまで考えたり、進路を含めて話せたりするので楽しいです。

中学生の素朴な疑問や鋭い気付きを一緒に共有することができて、新鮮な刺激をもらえた1日でした。

2018年9月25日火曜日

以前に受粉実験をしたシロイヌナズナの種ですが、無事受粉できていたようでちゃんと育ちました。初めての操作だったので一安心です。
前回の実験で、自家受粉する前のつぼみを見分けて、別の形質を持った親の雄蕊をつかって受粉させていましたので、実際に狙った花粉がついているのかどうかはこの種を育てて確認します。
ちゃんと目的の形質がでてくるか楽しみです。


2018年8月28日火曜日

学生さんがダンゴムシのガチャガチャを持ってきてくれました。
私も以前バンダイさんのプレスリリースを見て気になっていたこのガチャガチャ…!
外装のカプセルはなく、ダンゴムシが丸まったフォームでそのまま機械からコロンと出てくるようになっています。
特別な機能がついているわけではないのですが、いまとても流行っているそうで、どこも品薄なんだそうです。

ちなみに色は実際に存在する黒と青と白があり、青いダンゴムシはウイルス感染が原因で色が変わるそうです。興味深い…!
いつか本物を探してみたいとおもいます。

2018年8月12日日曜日

実家に帰ったら、懐かしいパソコンのパッケージが!
これにはお世話になりました。

2018年7月31日火曜日

シロイヌナズナの交配実験を初体験しました。
1ミリほどの小さなつぼみを、雌しべを傷つけないようにピンセットで開き、花粉が柱頭につかないように雄しべを除きます。そこに花粉親になる父親側から、小さな雄しべを一本取って柱頭に触れて受粉させます。
雄しべの『やく』にも裂け目のはいる方向があるので、小さな雄しべの向きを合わせるのはなかなか集中力のいる作業でした。
交配作業を施した花に刺繍糸で目印をつけて…
あとは種ができるのが楽しみです。

2018年7月17日火曜日

出張で関西学院大学梅田キャンパスへ行ってきました。
研究の打ち合わせに使用できるミーティングルームや、就活中の学生さんが利用できる部屋や設備も備えられています。
フロアが14階だったので、快晴の今日は窓からの眺めもとても綺麗でした。

2018年7月13日金曜日

今日は朝から甲南大学でセルソーティングの実験をさせていただいてきました。
自分の大学にない機器でも利用させていただけるので、共通利用機器の制度はとても有り難いです。
セルソーターは初めて使用しましたが、数十ミクロンの水滴が精密に形成される様や、1細胞の入った水滴が荷電されて目的のチューブに回収されていくところには技術の素晴らしさを感じました。

2018年7月2日月曜日

博士論文の研究を書籍に引用していただきました。
論文や本でお名前を存じていた先生方に引用して頂いて、恐縮ですがとても嬉しいです。
この本は植物だけでなく人なども含めたウイルス全般の本で、私の論文は植物病理に関連するチャプターに引用していただいています。
生態学的視点からのウイルス研究と、病理学的視点からのウイルス研究が知見を積み重ねあえれば良いと感じることは多いので、これを励みに、また研究に精進しようと思いました。

"Viruses as Pathogens: Plant Viruses"
R Hull - Viruses: Molecular Biology, Host Interactions, and Applications to Biotechnology
Edited by: Paula Tennant, Gustavo Fermin and Jerome Foster


書誌情報はこちら

2018年6月30日土曜日

農学部の学生さんの給食実習、第二弾。
毎週食券が販売されるので、うちの研究室ではみんなで買いに行く恒例行事になっています!
今週のメインは豚の角煮。時間のないなかで準備されるのに、お肉にも大根にも味がしっかり染みていて、とても美味しかったです。

2018年6月26日火曜日

龍谷大学農学部の学生さんが給食実習で作ってくれたご飯をいただきました。
お魚の香草焼きは良い香りで、夏らしいデザートもとてもおいしかったです。
栄養価やカロリーも考えて、班ごとに学生さん達自身がメニューも考案されています。
将来は学校、病院、介護施設など様々な場所で給食づくりに携わられるそうで、今日もたくさんの人の食事を手際よく用意されていました。
温かいものは温かく、冷たいものは冷たい状態で出されていて、また、衛生面にも細かく気配りされているのが伝わってきます。
きっと素敵な栄養士・管理栄養士さんになられるだろうなぁと思いました。

2018年6月5日火曜日

広島大学の粟津さん達との共同研究が出版されました。
Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data

実験室の均一な環境下で、同時に生育させた生物(酵母やシロイヌナズナ等)の間でも、個体間で遺伝子発現のばらつき(=ゆらぎ)が見られることが知られています。
通常の発現解析ではこれらはむしろノイズとして均されがちですが、粟津さんの研究ではこのゆらぎが、それぞれの遺伝子の種類・機能と関連しうることを明らかにされました。

粟津さんは物理系の研究者の方で、私はサンプリング等を担当させて頂いたのですが、分野を超えた共同研究は初めてだったので、自分では絶対にできないような素晴らしい研究のお手伝いができて、とても勉強になりました。

2018年5月27日日曜日

先日、和光 理研の二階堂愛先生の研究室へ寄せていただきました。
二階堂研ではSingle cell RNA-Seqなどの微量inputのRNA-Seq系を多く開発なさっています。
自分の研究でもRNA-Seq系の改良を行っているので、実験手法の詳細なお話を伺ったり、ラボを見学させて頂けてとても勉強になりました。

(二階堂研で開発されている代表的な微量RNA-Seq手法はこちら )
多検体1細胞RNAシーケンス法 Quartz-Seq2 (Sasagawa et al. 2018 Genome Biol.)
1細胞完全長トータルRNAシーケンス法 RamDA-Seq  (Hayashi et al. 2018 nat. commun.)



 

2018年4月28日土曜日

修士課程までお世話になった神戸大学で、研究生活の話をさせて頂きました。
学部再編によって国際人間科学部に代わってから初めてのプログラム合宿だそうで、新鮮な雰囲気がありました。
学生さんとは8歳も離れているのですこしドキドキでしたが、熱心に聞いて質問をしてくれて、懇親会では学部の近況についても聞くことができて楽しかったです。
発達での経験から得たものは多く、研究室の垣根を越えて温かくご指導くださったコースの先生方、切磋琢磨した友人達に改めて感謝です。


2018年3月21日水曜日

所属の農学部ではよく学生さんたちの育てたお野菜を頂くのですが、今回はターサイを頂きました。
ラボに持ち帰ってみんなで食べることに。
私は一株まるごとは初めて見るターサイ…!
葉がしっかりとたっていて、まるで小さな木みたいに見えます。大きさは手のひらから溢れるくらいでずっしりとしています。

洗って適当なサイズにちぎって暫くスチームすると、しんなりとしてお野菜のいい香りになります。
他のアブラナ科の野菜と似た優しい甘みがあり、くせがないので、蒸してそのままは勿論、パスタや炒め物ともよく合いました。

2018年3月19日月曜日

3月14日~18日は、北海道の札幌コンベンションセンターで開催された第65回日本生態学会大会へ参加してきました。
博士課程でお世話になった工藤研究室のOBの方からお招きいただいて企画集会で発表させていただきました。
感染症の集会で、自分と手法や興味の関連する方々の研究について懇親会も含めじっくり伺えてとても勉強になりました。

北海道はまだ冬で吹雪の日もあり、さらさらの雪が溶けずにあっという間に積もっていくのは本州と違う迫力がありました。

(↓学会会場前の雪)


2018年2月26日月曜日

大学で近江かぶらとそのドレッシングの試食会に参加させてもらいました。聖護院かぶらの祖先種と言われているそうで、平べったい独特のかたちをしています。
普通の蕪よりも身がしっかり詰まった感じで、甘味があるので生で頂いても美味しかったです。

2018年2月21日水曜日

サンプリングに参加したお花見メタゲノムプロジェクトの論文が公開されました。
NGS現場の会第四回研究会のイベントとして企画され、日本中の研究者がソメイヨシノの花の表面を綿棒のようなものでなぞり、細菌叢の違いを調べるプロジェクトでした。
本文はこちら

2018年2月3日土曜日

東大阪市立縄手中学校で、1限から6限まで3クラス、宇宙箱舟の授業をさせていただきました。
ワークショップ形式ではなく、授業として組み込んでいただけるのは珍しいので嬉しかったです。
生徒さんも熱心に参加して考えてくれて、また先生方がそういうやる気や自主性を引き出す仕掛けをうまくつくっておられるのを感じて、楽しく、私も学びの多い時間でした。

2018年1月19日金曜日

大学でお米の食味試験を体験しました。
五種類のお米を香り、見た目、粘り、固さ、味などで区別していきます。
基準のAのお米は日本晴れ、後はコシヒカリやゆめぴりかなど日本でポピュラーに食べられているお米で、どれも美味しくて判別が難しかったですが、お米をいつもよりじっくり見つめる新鮮な機会でした。
結果はまた後日教えてもらえるそうなので、楽しみです。